医疗纠纷赔偿协议书的具体格式如下：

1、首部首先需要写明医疗机构和患者的具体信息；

2、正文部分需要写明协议的具体事项，包括具体补偿项目及计算方法，协议生效的时间，争议解决的方式等等；

3、最后由双方签字盖章，注明日期。

【法律依据】

《医疗事故处理条例》第四十七条规定，双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。

协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。