造成银行在破产重整中损失大的直接原因有：

1、企业资产评估价值过低；

2、股东权益被过度保护。

对策：

1、法律制度完善方面一是进一步完善管理人制度，建立重整监督人，进一步规范管理人职权；

2、适当增强债权人在重整计划草案制定、批准和执行中的权利，进一步平衡各方利益需求；

3、慎用强制批准规定，强化债权人保护意识。

【法律依据】

《企业破产法》第92条：人民法院裁定批准的重整计划，对债务人和全体债权人均有约束力。