管辖权异议申请程序中的问题如下：

一、管辖权异议申请时间。管辖权异议的提出时间，应当在提交答辩状期间提出，即为被告收到起诉状副本之日起十五日内。

二、管辖权异议申请方式。管辖权异议申请方式目前尚无规定，无论是书面提出还是口头提出以，能否在答辩状中直接提出管辖权异议问题，还是需要另外提交管辖权异议申请，并无明确规定。

【法律依据】

《民事诉讼法》第127条，人民法院受理案件后，当事人对管辖权有异议的，应当在提交答辩状期间提出。人民法院对当事人提出的异议，应当审查。异议成立的，裁定将案件移送有管辖权的人民法院；异议不成立的，裁定驳回。当事人未提出管辖异议，并应诉答辩的，视为受诉人民法院有管辖权，但违反级别管辖和专属管辖规定的除外。