海事行政处罚自由裁量基准的原则：

1、自由裁量权的行使，要公正、善意、合乎情理；

2、自由裁量权的行使，要仅为正当目的；

3、自由裁量权的行使，要合乎法的目的。

【法律依据】

《中华人民共和国海事局海事行政处罚裁量权管理办法》第二条，本办法适用于各级海事管理机构依据法律、法规、规章等实施海事行政处罚裁量权的行为。