1、两者适用条件不同代通知金支付的条件有三个，分别为不胜任工作解除、医疗期满解除、客观情形发生重大变化解除。只有在这三种情形下的解除，才有代通知金。

2、两者的支付月数不同代通知金为固定金额，是员工一个月的工资。

3、计算基数不同代通知金的计算基数为员工离职之前的一个月工资，其不受三倍封顶限制;经济补偿金的计算基数为员工离职之前的十二个月平均工资，受三倍封顶限制。

【法律依据】

《劳动合同法》第46条，有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：

（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；

（二）用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；

（三）用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的；

（四）用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的；

（五）除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的；

（六）依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的；

（七）法律、行政法规规定的其他情形。