住房公积金贷款的房屋他项权证由贷款银行持有。

流程：

一、贷款申请住房公积金贷款需银行提书面申请；

二、资料齐全借款申请银行及受理审查并及报送公积金；

三、公积金负责审批贷款并及审批结通知银行；

四、银行按公积金审批结通知申请办理贷款手续；

五、住房抵押式担保借款，要房屋坐落区房屋产权管理部门办理，房产抵押登记手续抵押合同或协议，由夫妻双签字价证券质押借款价证券交管理部或盟收押保。