批捕两年还没有公诉是否合法应当由具体情况而定，如果案件的调查取证比较特殊，对犯罪事实不能认定，司法机关可以申请延长审理时间。涉嫌刑事犯罪，两年没有判决仍然有可能在刑事诉讼期限内，但属于特殊案件。

【法律依据】

《刑事诉讼法》第八十九条，公安机关对被拘留的人，认为需要逮捕的，应当在拘留后的三日以内，提请人民检察院审查批准。在特殊情况下，提请审查批准的时间可以延长一日至四日。