抗诉刑事再审案件合议庭的的审判长一般由法院院长进行指定，院长参加审判的案件由院长担任审判长。《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十八条，基层人民法院、中级人民法院审判第一审案件，应当由审判员三人或者由审判员和人民陪审员共三人组成合议庭进行，但是基层人民法院适用简易程序的案件可以由审判员一人独任审判。