办理外商投资企业批准证书变更的流程如下：

1、申报初审：企业将提交申请文件进行初审；

2、受理申请：如所提交材料齐全，且符合法定要求，立即受理；如所交材料存在可以当场更正的错误，申请人可当场更正，更正后，立即受理；如所交材料不齐全或不符合法定要求，将在5个工作日内一次告知申请人，须补齐全部内容；

3、发文。

提交材料如下：

1、企业申请报告、申请表；

2、企业董事会决议；

3、修改合同、章程(独资企业只修改章程)；

4、验资报告与审计报告；

5、原批准证书正、副本(复印件)；

6、股权转让的变更项目，还须提交：

(1)股权转让协议书(协议书应由转让方与接受方签定，并注明债权债务处理或转移办法)；

(2)接受方(即新股东)的资信证明、营执照(复印件)；

(3)董事会成员有调整的，需提交董事长新成员的身份证(复印件)及委派书。

7、场地或法定地址变更项目，需提交：场地或厂房租赁或购买协议或产权证明；重新征地建厂的，应提交由土地部门出具的土地预约书或合同书；

8、办理减资的项目，企业须在省级报纸上一个月内连续刊登三次公告。