双方同意离婚，但是对于子女抚养权不能达成一致意见的，可以向法院起诉离婚，由法院判决子女抚养权。

《婚姻法》第三十六条： 离婚后，哺乳期内的子女，以随哺乳的母亲抚养为原则。

哺乳期后的子女，如双方因抚养问题发生争执不能达成协议时，由人民法院根据子女的权益和双方的具体情况判决。