医疗纠纷中的刑事责任认定方法如下：根据《医疗事故处理条例》第55条中规定：医疗机构发生医疗事故，由卫生行政部门根据医疗事故等级和情节，给予警告；

情节严重的责令限期停业整顿直至由原发证部门吊销执业许可证，对负有责任的医务人员关于医疗事故罪的规定，依法追究刑事责任。