不可以约定违约金。单位给劳动者提供专项培训约定服务期或者有商业秘密需要劳动者保守的情况下，才可以约定违约金。而毕业生就业协议并未约定对大学毕业生进行实际的就业培训和大学毕业生实际涉及用人单位商业秘密的问题，用人单位在大学毕业生就业协议中约定违约金条款，违反劳动合同法的规定，应当说是无效约定。

【法律依据】

《劳动合同法》第22条，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。