拖欠运费要自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算三年内起诉。

起诉流程如下：

1、起诉，即向有管辖权的法院立案庭递交诉状。

2、立案审查。

3、开庭审理。

4、宣判。

【法律依据】

《合同法》第一百零七条规定：当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。