劳动者不承认劳动关系，可以申请劳动仲裁，确认双方存在劳动关系。

根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》，用人单位未与劳动者签订劳动合同，认定双方存在劳动关系时可参照下列凭证：

(一)工资支付凭证或记录(职工工资发放花名册)、缴纳各项社会保险费的记录；

(二)用人单位向劳动者发放的工作证、服务证等能够证明身份的证件；

(三)劳动者填写的用人单位招工招聘登记表、报名表等招用记录；

(四)考勤记录；

(五)其他劳动者的证言等。

其中，(一)、(三)、(四)项的有关凭证由用人单位负举证责任。