存在下列问题：

1.内部控制意识薄弱。在我国，仍有相当部分的企业未制订成文的内控制度，这一事实反映出这部分企业尚未认识到内控对于企业经营的重大意义。

2.组织机构设置不合理。有些国营企业的组织机构仍然沿袭着计划经济体制下的老模式——政企合一的原则来设立。

这种机构设置仅考虑到行政管理上的方便，而没有注意到企业组织的合理性问题，企业普遍存在机构臃肿、管理层次多、工作效率低下的问题。

3.企业制度不健全。

【法律依据】

《公司法》第3条，公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。