哺乳期协议离婚办理流程是，婚姻登记机关应当对离婚登记当事人出具的证件、证明材料进行审查并询问相关情况。

对当事人确属自愿离婚，并已对子女抚养、财产、债务等问题达成一致处理意见的，应当当场予以登记，发给离婚证。

【法律依据】根据《婚姻法》第三十四条，女方在怀孕期间、分娩后一年内或中止妊娠后六个月内，男方不得提出离婚。

女方提出离婚的，或人民法院认为确有必要受理男方离婚请求的，不在此限。