公司不可以扣发员工的年终奖。

【法律依据】

《关于贯彻执行劳动法若干问题的意见》明确规定，工资是指用人单位依据国家有关规定或劳动合同约定，以货币形式直接支付给本单位劳动者的劳动报酬，一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、延长工作时间的工资报酬以及特殊情况下支付的工资等。