股权转让协议的效力，与是否办理变更登记没有关系。协议本身是有效的，只是经过工商变更登记才能完成股权的转让。

根据《公司登记管理条例》第三十四条规定，有限责任公司股东转让股权的，应当自转让股权之日起30日内申请变更登记，并应当提交新股东的主体资格证明或者自然人身份证明。