公司设立登记的瑕疵可以有主观和客观两个方面。公司设立主观瑕疵：是指发起人或股东个人的设立行为中存在的瑕疵，主要是指公司的发起人或股东本身的原因或其意思表示有缺陷。例如，发起人或股东没有行为能力或属于限制行为能力人;发起人或股东的意思表示不真实;发起人或股东明知其行为将侵害债权人利益而作出的设立意思表示等。
法律依据：
《公司法》第一百九十九条，公司的发起人、股东虚假出资，未交付或者未按期交付作为出资的货币或者非货币财产的，由公司登记机关责令改正，处以虚假出资金额百分之五以上百分之十五以下的罚款。
第二百条，公司的发起人、股东在公司成立后，抽逃其出资的，由公司登记机关责令改正，处以所抽逃出资金额百分之五以上百分之十五以下的罚款。