首先，对于涉嫌侵犯公司权益的违纪行为，即便公司选择不进行依法追究，并不意味着行为人将免于法律制裁。
根据我国《中华人民共和国刑事诉讼法》之规定，所有需向法院提起公诉的案件，均须经过检察机关的精心审查与周全考虑后方能做出决定，这是维护司法公正，保障公民权益的重要举措。
其次，若嫌犯已对其违法行为向公司道歉并获得了谅解，那么可能导致侵占者的惩罚相对减轻。
如果该犯罪行为性质较轻且情节轻微，在检察官仔细审查违纪案件后，他们有权决定对此案不予起诉。
需要注意的是，具体的结果将取决于原始的侵占案件以及双方协商结果。
再者，在取得谅解后，需书面定制和解协议以证明原告和被告之间达成了和解共识。
当各方当事人已经达成共识时，公安部门、人民检察院和人民法院有义务倾听各方代表的声音，并对和解的可能性及合法性进行全面审查，最终裁定是否应制作和解协议。
最后，关于职务侵占案件的审理，如果其涉入刑事层面，那么在法院进行刑事审理过程中，通常由检察机关承担举证的重任。
为了证明侵占行为的存在，可以通过调查机构依法收集相关证据，如赃款财物、交易记录、证人证词、视听材料、电子数据等等，这些都可能成为构成刑事案件的关键证据。
然而在此过程中，调查机构必须遵循严格的程序确保收集到的证据具有合法性的同时，也符合证据所需具备的其他构成要素。

法律依据

《中华人民共和国刑法》第二百七十一条 【职务侵占罪】公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金;数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金;数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。
【贪污罪】国有公司、企业或者其他国有单位中从事公务的人员和国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有公司、企业以及其他单位从事公务的人员有前款行为的，依照本法第三百八十二条、第三百八十三条的规定定罪处罚。