工程转包合同整体无效时，其中的争议解决条款（如仲裁、管辖条款）或结算清理条款可能独立有效，但涉及转包行为本身的条款（如工程转包义务）因违法而无效。具体需结合条款性质及法律规则综合判断。

根据《中华人民共和国民法典》第153条、第791条，工程转包合同若违反禁止转包的强制性规定，则自始无效。例如： 

承包人将全部工程转包；

肢解后分包，或分包给无资质单位；

主体结构施工非承包人完成等。

无效后果：合同权利义务终止，双方原则上无需继续履行，但需处理已施工部分的后续责任（如工程质量、工程款结算）。

尽管合同整体无效，但以下条款可能单独有效：

争议解决条款

根据《民法典》第507条，合同无效不影响争议解决条款（如仲裁、管辖法院）的效力。

例外：若争议条款本身违法（如约定排除法定管辖），则无效。

结算清理条款

若合同已约定工程款结算方式、质量验收标准等，法院可参照《民法典》第793条，依据合同条款处理折价补偿或赔偿责任。

独立存在的技术性条款

如保密义务、知识产权归属等非核心义务条款，若与转包行为无直接关联，可能被认定有效。

转包义务条款

要求承包人转包全部工程、分包主体结构等条款，因直接违反法律强制性规定而无效。

违法责任规避条款

如约定“转包行为后果由实际施工人自行承担”，因排除承包人法定义务而无效。

涉及资质挂靠或再转包的条款

转包给无资质单位或允许再转包的条款，违反《建设工程质量管理条例》第78条，无效。

法律依据

《中华人民共和国民法典》第七百九十一条 【建设工程的发包、承包、分包】发包人可以与总承包人订立建设工程合同，也可以分别与勘察人、设计人、施工人订立勘察、设计、施工承包合同。发包人不得将应当由一个承包人完成的建设工程支解成若干部分发包给数个承包人。
总承包人或者勘察、设计、施工承包人经发包人同意，可以将自己承包的部分工作交由第三人完成。第三人就其完成的工作成果与总承包人或者勘察、设计、施工承包人向发包人承担连带责任。承包人不得将其承包的全部建设工程转包给第三人或者将其承包的全部建设工程支解以后以分包的名义分别转包给第三人。
禁止承包人将工程分包给不具备相应资质条件的单位。禁止分包单位将其承包的工程再分包。建设工程主体结构的施工必须由承包人自行完成。