补盖公章的行为本身，是对方对合同内容、合同主体资格的追认，符合法律规定的合同成立生效要件，一般情况下补盖后合同具备法律效力。

根据《中华人民共和国民法典》相关规定：

合同成立规则：《中华人民共和国民法典》第四百九十条规定：当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。公章是法人对外订立合同的法定用章，补盖公章的行为已经满足了法定的成立要件。

合同生效规则：《中华人民共和国民法典》第一百四十三条规定，具备下列条件的民事法律行为有效：（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思表示真实；（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。《中华人民共和国民法典》第五百零二条规定：依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。

最初盖错部门章属于盖章瑕疵，并非对方不认可合同的意思表示，补盖公章的行为补足了盖章形式瑕疵，明确了对方认可合同内容的真实意思，不影响合同效力。

只要合同本身满足上述生效条件，不存在法律规定的无效、可撤销情形，补盖公章后的合同就是合法有效的。

补盖公章的行为已经确认了合同效力，建议您留存好合同原件以及补盖公章的完整过程记录：

如果是面对面补盖，需要确认公章的真实性，核对公章名称与合同约定的对方主体名称一致；

如果是邮寄补盖，建议留存沟通补盖的聊天记录、邮件往来等证据，证明补盖是对方的主动行为，不存在盖章伪造的情形；

如果双方已经开始履行合同，同时留存好对方接受履行、己方履行的相关凭证，进一步佐证合同效力。

仅以"最初盖错部门章"为由主张合同无效，很难得到法院支持：补盖公章已经视为对合同效力的追认，只要不存在合同内容违法、意思表示虚假等法定无效情形，合同依然有效，不履行合同需要承担违约责任。

为了避免后续产生不必要的争议，建议您做如下处理：

要求对方在补盖公章时，在公章边缘标注“补盖”字样，并注明补盖日期，固定补盖的意思表示；

如果合同有多页，要求对方加盖骑缝公章，避免合同内容被篡改；

如果双方对补盖行为有沟通，保留好完整的沟通记录，作为争议发生时的证据。

法律依据

《中华人民共和国民法典》第一百四十三条 【民事法律行为有效的条件】具备下列条件的民事法律行为有效：
(一)行为人具有相应的民事行为能力;
(二)意思表示真实;
(三)不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。

《中华人民共和国民法典》第四百九十条 【合同成立时间】当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。

《中华人民共和国民法典》第五百零二条 【合同生效时间】依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。
依照法律、行政法规的规定，合同应当办理批准等手续的，依照其规定。未办理批准等手续影响合同生效的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的，对方可以请求其承担违反该义务的责任。
依照法律、行政法规的规定，合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的，适用前款规定。