在计算个人所得税时，我们应参照实发工资，即已扣除五险一金之后的工资净额。
具体的计算公式如下：
工资应纳税额=(工资薪金所得-"五险一金"-扣除数)×适用税率-速算扣除数。
同时，根据相关规定，全月应纳税所得额=(应发工资-四金)-5000。

法律依据

《中华人民共和国个人所得税法》第六条 应纳税所得额的计算：
(一)居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
(二)非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额;劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。
(三)经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
(四)财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元;四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。
(五)财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。
(六)利息、股息、红利所得和偶然所得，以每次收入额为应纳税所得额。
劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得以收入减除百分之二十的费用后的余额为收入额。稿酬所得的收入额减按百分之七十计算。
个人将其所得对教育、扶贫、济困等公益慈善事业进行捐赠，捐赠额未超过纳税人申报的应纳税所得额百分之三十的部分，可以从其应纳税所得额中扣除;国务院规定对公益慈善事业捐赠实行全额税前扣除的，从其规定。
本条第一款第一项规定的专项扣除，包括居民个人按照国家规定的范围和标准缴纳的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金等;专项附加扣除，包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等支出，具体范围、标准和实施步骤由国务院确定，并报全国人民代表大会常务委员会备案。