集体土地上房屋的征收要参照新颁布的《国有土地上房屋征收与补偿条例》的精神执行，征收要合法必须按照以下程序进行：
1、发布征收公告。房屋征收部门应当告知被征收人被征收的范围，对征收公告有异议的被征收人可以要求举行听证会。
2、登记调查。房屋征收部门应当对房屋征收范围内房屋的权属、区位、用途、建筑面积等情况组织调查登记，被征收人应当予以配合。调查结果应当在房屋征收范围内向被征收人进行公布。
3、制作房屋征收决定
市、县级政府作出房屋征收决定前要进行社会风险性评估，征收决定作出后应当及时公告。公告应当载明征收补偿方案和行政复议、行政诉讼权利等事项。房屋征收部门可以委托房屋征收实施单位承担房屋征收与补偿的具体工作，但房屋征收实施单位不得以营利为目的。
4、拟定征收补偿方案。房屋征收部门拟定征收补偿方案，报市、县级政府进行审批，市、县级人民政府应当组织有关部门对征收补偿方案进行论证并予以公布，征求公众意见。
5、市县级政府根据公众意见修改的情况修改方案后做出征收决定，做出决定后及时公告。在做出决定前，还需要进行社会稳定风险评估，补偿费用应当足额到位，专户存储、专款专用。
6、签订补偿协议。房屋征收部门与被征收人就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，签订补偿协议。
7、落实补偿后交付土地。以货币进行补偿的，政府机关应当在落实被征收人的补偿后，才能要求被征收人按期交付被征收的房屋。

相关法律规定：
《中华人民共和国土地管理法实施条例》
第二十五条征收土地方案经依法批准后，由被征收土地所在地的市、县人民政府组织实施，并将批准征地机关、批准文号、征收土地的用途、范围、面积以及征地补偿标准、农业人员安置办法和办理征地补偿的期限等，在被征收土地所在地的乡（镇）、村予以公告。
被征收土地的所有权人、使用权人应当在公告规定的期限内，持土地权属证书到公告指定的人民政府土地行政主管部门办理征地补偿登记。
市、县人民政府土地行政主管部门根据经批准的征收土地方案，会同有关部门拟订征地补偿、安置方案，在被征收土地所在地的乡（镇）、村予以公告，听取被征收土地的农村集体经济组织和农民的意见。征地补偿、安置方案报市、县人民政府批准后，由市、县人民政府土地行政主管部门组织实施。对补偿标准有争议的，由县级以上地方人民政府协调；协调不成的，由批准征收土地的人民政府裁决。征地补偿、安置争议不影响征收土地方案的实施。
征收土地的各项费用应当自征地补偿、安置方案批准之日起3个月内全额支付。
第二十六条土地补偿费归农村集体经济组织所有；地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗的所有者所有。
征收土地的安置补助费必须专款专用，不得挪作他用。需要安置的人员由农村集体经济组织安置的，安置补助费支付给农村集体经济组织，由农村集体经济组织管理和使用；由其他单位安置的，安置补助费支付给安置单位；不需要统一安置的，安置补助费发放给被安置人员个人或者征得被安置人员同意后用于支付被安置人员的保险费用。
市、县和乡（镇）人民政府应当加强对安置补助费使用情况的监督。

第四十五条规定，违反土地管理法律、法规规定，阻挠国家建设征收土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令交出土地;拒不交出土地的，申请人民法院强制执行。