分公司工商注销流程
1、公司注销或者决定注销分公司的，应当自注销决定作出之日起30日内向分公司登记机关申请注销登记。
2、国家和地方税收登记证的注销，需要国家和地方税收登记证、国家和地方所有税收的有关材料和公章备案。
3、清算组应当自撤销决定作出之日起15日内成立。应取得公司备案申请表(由公司清算组负责人签署)、指定代表或共同委托代理人证明(加盖公司公章)、股东大会关于成立清算组的决议(由全体股东签署)及公司营业执照复印件。
4、清算组应当自成立之日起10日内通知债权人，确保债权人的合法债务得到清偿。
5、发布取消通知，并在60天内在报纸上至少发布三条公告。
6、还清分公司债务，到税务部门领取完税证明。
7、填写注销登记申请表，提交登记文件和证件，按约定日期收到批准通知，注销基本存款账户，包括公司营业执照原件(部分银行要求工商、代码、国税、地税全套证明)、开户许可证、印鉴卡、印鉴卡预留印鉴、支票簿、电汇凭证等银行相关资料及注销账户申请表。
分公司注销登记需要提交的材料
1、公司法定代表人、指定代表或者共同委托代理人签署并加盖公司公章的《分公司注销登记申请书》;
2、公司签署、加盖公司公章并粘贴指定代表或共同委托代理人身份证复印件的《指定代表或者共同委托代理人的证明》，应标明具体委托事项、权限、委托期限。指定代表或共同委托代理人要提交身份证原件(供当场确认使用)。
3、公司出具的注明分公司注销原因的注销决定。
4、分公司的《营业执照》正、副本。
5、分公司完税证明。您所说的“税务系统中好象还处于非正常状态”如是指没有进行税务登记，可以提交领取营业执照时工商登记机关核发的办理税务登记使用的那联“分公司登记核准通知书”作为证明。
6、分公司如单独开设有银行账户的，还需提交银行清户证明。
7、分公司公章。
《公司法》第一百八十八条，公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。