行政许可程序的特别规定有： (1)特许程序 特许是行政机关代表国家向被许可人授予某种权利的许可方式，主要适用于自然资源的开发利用、公共资源的配置以及直接关系公共利益的特定行业的市场准入等，需要赋予特定权利的事项。 (2)认可程序 认可是行政机关确定申请人是否具备特殊信誉、特殊条件或者特殊技能的许可方式，主要适用于确定申请人是否具备为从事提供公众服务并且直接关系公共利益的职业、行业所必需的特殊信誉、特殊条件或者特殊技能等资格、资质的事项 (3)核准程序 核准是行政机关对某些事项是否达到特定技术标准、技术规范作出判断的许可方式，主要适用于直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的重要设备、设施、产品、物品，需要按照技术标准、技术规范，通过检验、检测、检疫等方式进行审定的事项，比如，消防法规定的消防验收、国境卫生检疫法规定的动植物进出境检疫等。 登记是行政机关确立企业或者其他组织主体资格的许可方式。

法律依据

《行政许可特别规定》五十一条 实施行政许可的程序，本节有规定的，适用本节规定;本节没有规定的，适用本章其他有关规定。

《行政许可特别规定》五十二条 国务院实施行政许可的程序，适用有关法律、行政法规的规定。

《行政许可特别规定》五十三条 实施本法第十二条第二项所列事项的行政许可的，行政机关应当通过招标、拍卖等公平竞争的方式作出决定。但是，法律、行政法规另有规定的，依照其规定。 　　行政机关通过招标、拍卖等方式作出行政许可决定的具体程序，依照有关法律、行政法规的规定。 　　行政机关按照招标、拍卖程序确定中标人、买受人后，应当作出准予行政许可的决定，并依法向中标人、买受人颁发行政许可证件。 　　行政机关违反本条规定，不采用招标、拍卖方式，或者违反招标、拍卖程序，损害申请人合法权益的，申请人可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。