有权决定特别行政区设立的国家机关是全国人民代表大会。

根据《中华人民共和国宪法》第六十二条规定，全国人民代表大会行使下列职权：

（一）修改宪法；

（二）监督宪法的实施；

（三）制定和修改刑事、民事、国家机构的和其他的基本法律；

（四）选举中华人民共和国主席、副主席；

（五）根据中华人民共和国主席的提名，决定国务院总理的人选；根据国务院总理的提名，决定国务院副总理、国务委员、各部部长、各委员会主任、审计长、秘书长的人选；

（六）选举中央军事委员会主席；根据中央军事委员会主席的提名，决定中央军事委员会其他组成人员的人选；

（七）选举国家监察委员会主任；

（八）选举最高人民法院院长；

（九）选举最高人民检察院检察长；

（十）审查和批准国民经济和社会发展计划和计划执行情况的报告；

（十一）审查和批准国家的预算和预算执行情况的报告；

（十二）改变或者撤销全国人民代表大会常务委员会不适当的决定；

（十三）批准省、自治区和直辖市的建置；

（十四）决定特别行政区的设立及其制度；

（十五）决定战争和和平的问题；

（十六）应当由最高国家权力机关行使的其他职权。

法律依据

《中华人民共和国宪法》第六十二条 国人民代表大会行使下列职权： （一）修改宪法； （二）监督宪法的实施； （三）制定和修改刑事、民事、国家机构的和其他的基本法律； （四）选举中华人民共和国主席、副主席； （五）根据中华人民共和国主席的提名，决定国务院总理的人选；根据国务院总理的提名，决定国务院副总理、国务委员、各部部长、各委员会主任、审计长、秘书长的人选； （六）选举中央军事委员会主席；根据中央军事委员会主席的提名，决定中央军事委员会其他组成人员的人选； （七）选举国家监察委员会主任； （八）选举最高人民法院院长； （九）选举最高人民检察院检察长； （十）审查和批准国民经济和社会发展计划和计划执行情况的报告； （十一）审查和批准国家的预算和预算执行情况的报告； （十二）改变或者撤销全国人民代表大会常务委员会不适当的决定； （十三）批准省、自治区和直辖市的建置； （十四）决定特别行政区的设立及其制度； （十五）决定战争和和平的问题； （十六）应当由最高国家权力机关行使的其他职权。