农村土地确权证书和房产证书是两种不同的证，它们主要在以下四个方面有区别：

1、土地的发证机关

一般来说，农村的土地确权证书是当地乡镇部门那办理，而房产证则至少是县级或者以上的国家土地局发下来的证书。

2、土地性质

大家都知道，农村的宅基地其实是集体土地，它的确权就是在农村集体土地上对农户的宅基地进行确权，而房屋产权确权，则是在有着买卖权的国有土地性质上的房屋进行的确权。

3、土地的获取方式

农民宅基地上的土地是直接按户来分配的，一个户口本上就只能有一处宅基地，也就是“一户一宅”，如果农民有出卖或者出租就不能拥有第二处宅基地了，如果是房屋产权确权的土地通常是经过国家公开拍卖拿到，因此是需要交钱的。

4、所有权

农村的宅基地使用权在于农民，所有权是集体经济组织也就是国家。而房屋产权是买房的人通过交易获得的房子合法所有权，也就是可依法对所购房屋行使占有、使用、收益和处分的权利的证件。

法律依据

《中华人民共和国土地管理法》第六十二条 农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
人均土地少、不能保障一户拥有一处宅基地的地区，县级人民政府在充分尊重农村村民意愿的基础上，可以采取措施，按照省、自治区、直辖市规定的标准保障农村村民实现户有所居。
农村村民建住宅，应当符合乡(镇)土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。编制乡(镇)土地利用总体规划、村庄规划应当统筹并合理安排宅基地用地，改善农村村民居住环境和条件。
农村村民住宅用地，由乡(镇)人民政府审核批准;其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。
农村村民出卖、出租、赠与住宅后，再申请宅基地的，不予批准。
国家允许进城落户的农村村民依法自愿有偿退出宅基地，鼓励农村集体经济组织及其成员盘活利用闲置宅基地和闲置住宅。