人事代理合同制是由专门的代理公司与员工签约后再由代理公司派驻其他用人单位。合同制一般是由员工个人与用人单位直接签订劳动合同。
两者在工资基数和收入上有差别。一般人事代理合同制参照事业单位工资套改，福利待遇较好。合同制由用人医院与员工协商工资待遇。一般在一些单位，也有人事代理制与人事代理合同制区别，人事代理制与事业单位福利待遇相差不大，而人事代理合同制一般是人事代理制的收入的80%左右。综上所述，人事代理合同制与合同制相比，前者自然是求职首选。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第九条
当事人订立合同，应当具有相应的民事权利能力和民事行为能力。
当事人依法可以委托代理人订立合同。