保密协议的违约金是多少一般应根据合同来确定。
劳动合同法规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
保密协议的违约金是由用人单位与劳动者双方约定的，一般约定的违约金不超过实际造成的百分之三十。若劳动者违反保密协议约定，对用人单位造成经济损失的，应当依法承担赔偿责任。
合同赔偿责任是以填补被违约方所遭受的实际损失为原则。实际损失是指非违约方因违约方的违约行为使其已经遭受的损失，将来要遭受的损失即预期利益损失不包括在内。这里讲的实际损失与直接损失并非同一概念。实际损失包括直接损失，但直接损失有时范围等于或小于实际损失。
在保密协议当中是必然会约定违约金的，可是，很多时候，员工如果违反了保密协议当中的条款，给公司造成的损失确实也是无法估量的，公司的商业秘密事关重大，恐怕员工应该给公司支付的违约金也是一笔不小的数额。在劳动关系终止后，保密协议可能都仍然是有效的。
法律依据：
《劳动合同法》第二十三条 用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。