职务侵占罪属于公诉案件，应当经公安机关侦查、人民检察院审查起诉、人民法院审判后决定是否追究刑事责任。因不属于自诉案件，即使刑事立案后款项已归还并且公司也出具了谅解书不予追究法律责任，也不能影响司法机关按法定程序追究的行为。当然也不排除公安机关、人民检察院或者人民法院根据案情并依据刑法等规定作出撤销案件、不起诉或者不予追究刑事责任的决定或判决等。但这不等同于被害人的谅解不予追究责任的概念。
《中华人民共和国刑法》第二百七十一条公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处五年以下有期徒刑或者拘役数额巨大的，处五年以上有期徒刑，可以并处没收财产。