1、在农村基层组织人员职务犯罪案件中，涉案款物的权属对案件的定性具有重要影响。实践中，农村基层组织人员非法侵吞、挪用的财产，如果属于代为管理的国家财产，就应该以贪污罪、挪用公款罪定罪如果属于村集体的自有财产，则成立职务侵占罪、挪用资金罪。例如，农村基层组织人员在退耕还林工程中，协助乡镇人民政府发放退耕还林补助款的行为是一种典型的“协助人民政府从事的行政管理工作”，对于农村基层组织人员在该“公务”中实施的侵吞、挪用补助款的行为，应该以贪污罪或挪用公款罪处理。因此司法机关要想对农村基层组织人员职务犯罪案件作出准确的定罪，就必须对该职务行为所侵害财产是国家财产抑或是村集体自有财产作出甄别和判断。
2、农村基层组织人员管理、支配或经手的财产按其性质或权属可分为两类：一类是村集体的自有财产，属于村集体所有。主要包括村办企业财产、村提留资金、土地补偿款、村办经济实体所获得的利润、村集体所有的自然资源出售、承包、租赁所得、村集体自我积累的资金等。另一类是在协助政府从事行政管理工作时，代为管理的财产，属于国家所有。主要包括代为发放的救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物，社会捐助款物，土地征用补偿款中的安置费、青苗补助费以及代征、代缴的税款、计划生育罚款、党费等。实践中，这两种不同性质的财产都可能成为农村基层组织人员职务犯罪的对象。