医疗事故罪认定的证据有：
1.门诊及住院病历；
2.化验单及各类检查结果；
3.处方、药品及药品包装袋；
4.手术中的切除组织；
5.输血、输液反应的剩余液；
6.死者尸体根据《刑法》第三百三十五条，医务人员由于严重不负责任，造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的，处三年以下有期徒刑或者拘役。