1、两者侵犯的客体不同。两种犯罪虽然都侵犯公共财产权，但侵犯程度不同，社会危害性也就不同。贪污罪侵犯的是公共财产所有权中的占有、使用、收益、处分等全部权能，而挪用公款罪只侵犯公款的占有、使用和收益权。
2、两者主观故意的内容不同。贪污罪的主观故意是非法占有公共财物，不准备归还；而挪用公款罪的主观故意是暂时占有并使用公款，打算以后予以归还。
3、两者的行为方式不同。贪污罪在客观上表现为使用侵吞、盗窃、骗取等方法将公共财物据为己有，由于行为人往往采取销毁、涂改、伪造单据、帐目等手段，故在现实生活中难以发现公共财物已经被非法侵吞；而挪用公款罪的行为表现为擅自决定动用本单位公款，虽然有时也采取一些欺骗手段，但一般不采用侵吞、盗窃、骗取手段。