依据我国刑事诉讼法的规定，案件证据不足存在问题的，并且已经过了追诉时效的，检察机关是可以作出不起诉决定的。
相关法律规定
《中华人民共和国刑事诉讼法》
第十六条有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的
(二)犯罪已过追诉时效期限的
(三)经特赦令免除刑罚的
(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的
(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的
(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。