根据相关的法律规定，三方协议与劳动合同的区别主要有：
1、含义不同：三方协议是毕业生与用人单位签订的就业协议，它的效力在毕业生到用人单位报到，签订劳动合同的时候正式终止。劳动合同是指劳动者与用工单位之间确立劳动关系，明确双方权利和义务的协议。
2、签订的主体不同：三方协议涉及学校、用人单位、学生等三方面，三方相互关联但彼此独立；而劳动合同是双方合同，由劳动者和用人单位两方签订。
3、主体身份不同：毕业生签订就业协议时仍然是学生身份，但是签订劳动合同时应当是劳动者身份。
4、有效期限不同：三方协议的有效期为自签约日起至毕业生到用人单位报到之日。而劳动合同的有效期根据双方的约定为准。