依据我国劳动合同法的规定，工作3年未签订劳动合同的，后来辞职时是可以申请经济补偿金的，用人单位要支付双倍的工资。
《中华人民共和国劳动合同法》
第八十二条用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。
用人单位违反本法规定不与劳动者订立无固定期限劳动合同的，自应当订立无固定期限劳动合同之日起向劳动者每月支付二倍的工资。