工资被克扣的处理方式如下：
1、与用人单位协商如果被克扣工资，可以先与用人单位负责人了解情况，询问原因，可以选择与负责人私下和解，协商解决。
2、向劳动纠纷调解委员会申请调解。
3、向劳动监察大队投诉。
4、向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
5、仲裁后不服可向人民法院起诉。《劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。