您好！根据《合同法》规定，行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后以被代理人名义订立合同，相对人有理由相信行为人有代理权的，该代理行为有效。虽然经理因故辞职，但是因为经理长期在你的饭店签约招待客户，而且公司曾经付款，你有理由相信经理是有代理权的，形成表见代理，所以甲公司应该付款。