工伤认定申请超时的处理办法是用人单位未按规定提出工伤认定申请的，工伤职工在事故伤害发生之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。

根据《工伤保险条例》第十七条，职工发生事故伤害，用人单位未按规定提出工伤认定申请的，工伤职工在事故伤害发生之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。