股权代持会影响新三板挂牌。公司新三板挂牌重要的一个条件是：拟挂牌企业需要股权明晰，股票发行和转让行为合法合规。

而股权代持在日后极易发生利益纠纷和股权纠纷，因此，目前上市规则以及新三板挂牌规则中明确要求清理股权代持。

【法律依据】

《首次公开发行股票并上市管理办法》第十三条及《首次公开发行股票并在创业板上市管理办法》第十五条规定：发行人的股权清晰，控股股东和受控股股东、实际控制人支配的股东持有的发行人股份不存在重大权属纠纷。