以结婚登记程序存在瑕疵为由主张撤销结婚登记，应提起行政复议或行政诉讼。

在我国现行法律框架下，结婚登记在性质上属于具体行政行为，即行政确认行为。

当事人对已经领取的结婚证的效力提出异议，虽然不属于人民法院民事案件的审查范围，但当事人可以向民政部门申请解决或者提起行政诉讼。

因此，《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国婚姻法〉若干问题的解释（三）》第一条第二款规定。

当事人以结婚登记程序存在瑕疵为由提起民事诉讼，主张撤销结婚登记的，告知其可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。