期货公司被查员工会怎么样，需要看具体情况。

如果员工有违法行为的追究法律责任，没有违法行为的不追究责任，追究负责人和主要责任人的刑事责任。

法律依据如下：

《中华人民共和国刑法》第三十条规定，公司、企业、事业单位、机关、团体实施的危害社会的行为，法律规定为单位犯罪的，应当负刑事责任。

第三十一条规定，单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。

本法分则和其他法律另有规定的，依照规定。