经过双方签字盖章，新员工入职协议是有法律效力的。入职协议其实质也是用人单位与劳动者订立的关于入职等相关问题的合同，只要双方达成意思一致，合同就有效，对双方都有法律约束力。

法律依据：

《合同法》第三十六条规定，法律、行政法规规定或者当事人约定采用书面形式订立合同，当事人未采用书面形式但一方已经履行主要义务，对方接受的，该合同成立。

《合同法》第三十七条规定，采用合同书形式订立合同，在签字或者盖章之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受的，该合同成立。

《合同法》第四十四条规定，依法成立的合同，自成立时生效。 法律、行政法规规定应当办理批准、登记等手续生效的，依照其规定。