医疗事故二次鉴定程序有三种，分别是：卫生行政部门移交鉴定(行政鉴定)、医患双方共同委托鉴定(自行鉴定)和法院委托鉴定(司法鉴定)。

1、卫生行政部门移交鉴定(行政鉴定)：指卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者接到医患双方当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当书面移交负责首次医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。

2、医患双方共同委托鉴定(自行鉴定)：指医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，应当由双方当事人共同书面委托医疗机构所在地负责首次医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。

3、法院委托鉴定(司法鉴定)：是指法院在民事审判中，根据当事人的申请或者依职权决定进行医疗事故司法鉴定的，交由医学会组织鉴定。

《医疗事故处理条例》第二十九条，负责组织医疗事故技术鉴定工作的医学会应当自接到当事人提交的有关医疗事故技术鉴定的材料、书面陈述及答辩之日起45日内组织鉴定并出具医疗事故技术鉴定书。

负责组织医疗事故技术鉴定工作的医学会可以向双方当事人调查取证。