对交通肇事罪进行侦查的主要程序：

1、现场勘查和调查取证。

2、制作交通事故认定书。

3、立案、破案。

4、侦查终结。

5、强制措施。

《刑事诉讼法》第一百一十五条，公安机关对已经立案的刑事案件，应当进行侦查，收集、调取犯罪嫌疑人有罪或者无罪、罪轻或者罪重的证据材料。对现行犯或者重大嫌疑分子可以依法先行拘留，对符合逮捕条件的犯罪嫌疑人，应当依法逮捕。