公司兼并流程是：1、初步确定兼并方和被兼并方企业。2、清产核资和财务审计。3、资产评估。4、确定产权底价。5、签署兼并协议和转让价款管理。6、办理产权转让的清算手续和法律手续。7、权利义务的承担和职工的安置。

企业兼并，必须由直接持有该国有产权的单位决定聘请具备资格的会计师事务所进行财务审计。如果经过兼并，企业改制为非国有制企业，还要对企业的法定代表人进行离任审计。被兼并企业必须按照有关规定向会计师事务所或者政府审计部门提供有关财务会计资料和文件。

通过合并协议《公司法》规定，公司合并需通过股东大会特别决议通过，其中，有限责任公司股东会对公司合并做出决议，必须经代表2/3以下表决权的股东通过，国有独资历公司的合并应由国家授权投资的机构或者国家授权的部门决定。