与医院协商医疗纠纷有以下方式：

1、由医患双方自行协商达成协议，没有特定的第三人参加。

2、卫生行政部门主持针对医疗纠纷达成调解协议。

3、当争议进入诉讼程序后，可由人民法院主持双方调解达成协议。

法律依据：《医疗纠纷预防和处理条例》第二十二条规定，发生医疗纠纷，医患双方可以通过下列途径解决：

（一）双方自愿协商；

（二）申请人民调解；

（三）申请行政调解；

（四）向人民法院提起诉讼；

（五）法律、法规规定的其他途径。