在公司破产清算程序存在的问题有：

1.妥善处理员工安置问题。

2.公司财产被侵占和破坏的有关问题。

3.公司物品文件的遗失问题。

4.资产处理问题。

《破产法》第二十四条规定，法院应当自宣告企业破产之日起15日内成立清算组，接管破产企业;清算组负责破产财产的保管、清理、估价、处理和分配。

《破产管理条例》第17条的规定，设立公司应当向公司登记机关申请公司名称的预先核准。