专利代理合同纠纷的处理：

1.调解。

2.仲裁。

仲裁是仲裁机构对合同纠纷进行审理和裁决的一种处理方法。

3.诉讼。

诉讼是指专门的司法机关，即人民法院按照《民事诉讼法》的规定对合同纠纷进行审理和裁决的一种处理方法。

【法律依据】

《最高人民法院关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》第二条，专利纠纷第一审案件，由各省、自治区、直辖市人民政府所在地的中级人民法院和最高人民法院指定的中级人民法院管辖。